Mērdzenes skola dibināta 1865. gadā. 1893. gadā skolas ēka nodega. 1895. gadā tajā pašā vietā tika uzbūvēta jauna.

1920. gadā tika atvērta 1. Mērdzenes sešgadīgā skola. 1930. gados tā saucās Mērdzenes pagastskola. Tās ēka atradās Pudinavas – Goliševas ceļa labajā pusē, kilometra attālumā no baznīcas. 1925. gadā pie skolas uzcelta jauna piebūve. 1921. gadā skolā bija 132 skolēni, bet 1931. gadā — 165. (2. Pasaules kara laikā tā tika nodedzināta). Divdesmit gadus šo skolu vadīja Antons Kalvāns. Skolotāji skolā bieži mainījās. 20. gadu sākumā šeit strādāja Olga Plaude, Marija Bite, Zelma Freimane. 30. gados – skolotāji Emīlija Kuzmina, Ignats Barkāns, Viktors Patmalnieks, Abrickis.

Mērdzenes sešgadīgajā latviešu skolā pēc kara (līdz apvienošanai ar Pudinavas skolu) bija direktori Rumbina (Juškāne), Leonīds Iļjenkovs, Lidija Masale, Jāzeps Buļs, Valentīna Balaja (Valujeva), D.Matisāns, Fricis Ezermalis, Valērija Kudare, pionieru vadītāja bija Juškāne, Taisija Veženkova, Jeļena Mortuzāne, par skolotāju strādāja Ņina Tutina.

1932.gadā Mērdzenes ciematā tika atvērta četrgadīgā latviešu skola. Tā atradās pie Stiglovas ceļa, D. Vazacka mājā, kurš šo māju bija uzcēlis tieši šim nolūkam un to iznomāja. Skolēnu skaits šajā skolā pastāvīgi palielinājās, un drīzumā tā kļuva par sešgadīgo. Līdz 1941. gadam tā saucās par II Mērdzenes sešgadīgo skolu. 30. gados šajā skolā strādāja šādi pedagogi: Mihalina Lipska, Edvards Burtnieks, Emīlija Kuzmina, Vilma Cielāja, ilgus gadus par direktori bija Vera Grigore (Babrova).

1934. gadā Mērdzenes krievu skolas otrās pakāpes klases pārdēvētas par jaukto tautību klasēm un pievienotas vietējai latviešu pamatskolai.

Mērdzenes četrgadīgā latviešu skola 1950. gadā tika apvienota ar Pudinavas četrgadīgo latviešu skolu un pastāvēja līdz 1953. gadam, kad tā tika apvienota ar Mērdzenes skolu un pārcēlās uz Mērdzeni. Attiecīgi apvienojās arī skolotāju kolektīvi.

200. gados skola tika izvietota 2 ēkās – 1. – 4. klase un pirmskolas iestāde atradās Mērdzenē, 5. – 9. klase mācījās Pudinavā. 2006. gadā Skolā mācījās 90 skolēni, 58 no tiem Pudinavā. Skolas nosaukums – Pudinavas pamatskola.

2006. gadā tika iesvētīts skolas karogs.

2008. gadā skolai Mērdzenē sāka celt piebūvi un jauno sporta zāli. 2009. gada sākumā Pudinavas skola tika pārcelta vienā ēkā Mērdzenē. 2009. gada rudenī sāka darboties sporta zāle. Pudinavas pamatskolas nosaukums mainīts uz Mērdzenes pamatskolu.

Mērdzenes skolas direktori – Jānis Bulis, Inese Avota.

Plašāk Ludzas pilsētas bibliotēkas datu bāzēs