В 1865 году в Зальмуйжской волости в селе Миглиниеки была открыта первая школа. В 1866 году в школе учились 14 мальчиков и работал один учитель, в 1873 году учились 32 мальчика и 3 девочки. В 1880-е годы школу перевели в Зальмуйжу, а в начале 20-го века – в Роговку. В школе обучение проходило на русском языке. В 1911 году школу посещало 135 детей.

В 1914 году было построено новое здание школы. С 1919 года уроки в школе велись на латышском языке. В начале 1920-х годов школа была преобразована в 6-ти летнюю основную школу. В 1926 году в 6-ти летней основной школе в Роговке обучалось 142 ученика и работало 3 учителя.

26 февраля 1936 года шестиклассная основная школа Роговки была переименована в Наутренскую шестиклассную основную школу.

В 1935 году было принято решение о строительстве нового здания школы, архитектор П. Павлов разработал проект здания, 5 июня 1937 года был заложен первый камень в основание школы и заложена капсула с завещанием будущим поколениям. Новое здание школы было освящено 2 октября 1938 года. Освящение возглавили настоятель прихода Я. Декснис и заместитель министра образования Я. Чаманис.

В школе преподавали Алоиз Гудритис, Петерис Убелитис, Эдгарс Трейманис, Янис Рушко, Янис Лудборж (Мадсолас Йоньс).

В 1945 году был принят закон об открытии средней школы в Наутрени. В 1947 году в школе работало 24 учителя, в 1949 году – 41 учитель.

В 1967 году была построена пристройка с шестью классными комнатами и спортивным залом. В 1974 году рядом со школой был построен интернат. В 1946 году в школе обучалось 374 ученика (87 – в средней школе) и работало 24 учителя, в 1950 году – 388 (102), 40 учителей, в 1970 году – 314 (46), 26 учителей, в 1989 году – 194 (42), 23 учителя.

Директора школы – Я.Гайланс, К.Кригерс, А.Ансвиесулис, А.Лауране, И.Рудзе, А.Баркане, Ф.Сёмкане, В.Каткевича. С 1971 года директора школы – Э.Баркане, А.Миглиниекс, А.Жогота.

1 сентября 1999 года волость Наутрени была включена в Резекненский район (в 2009 году — в Резекненскую волость).